Sakura hanya memainkan peranan sebagai watak sampingan dalam kedua-dua senario iaitu Fate dan Unlimited Blade Works, namun dia merupakan watak wanita utama dalam senario ketiga, Heaven's Feel. Zōken Matō yang berasa malu dan benci di atas perwatakan Shinji sebagai seorang Master telah mula melakukan genosid ke atas setiap Servant lain dengan bantuan daripada True Assassin dan Sakura. Berserker, Lancer, Saber, dan Archer telah terbabit dalam serangannya ini, disamping Sakura yang telah mengambil Dark Saber dan Dark Berserker sebagai pembantunya. Pada waktu malam, Sakura bersiar-siar di Bandar Fuyuki sambil melakukan keganasan, menelan sejumlah besar manusia biasa sebagai sumber Mana. Gilgamesh akhirnya bersemuka dengan gadis tersebut dan menikam tubuhnya dengan beberapa Noble Phantasm menerusi Gate of Babylon miliknya, namun Sakura telah sembuh dalam kadar yang sangat cepat dan akhirnya memakan Gilgamesh sama sekali.

Menyedari kehancuran yang disebabkan oleh dirinya sendiri, Sakura telah mencari datuknya untuk memaksanya mengakhiri nyawanya. Pada waktu yang sama, Shinji telah cuba untuk mengugutnya melakukan seks, sekaligus mengancam untuk mendedahkan tindakannya merogol Sakura sejak dahulu kepada Shirō. Berasa takut dan tidak yakin dengan diri sendiri, Sakura telah membunuh Shinji dan menerima seifat jahat di dalam dirinya. Dia kemudian berubah menjadi Dark Sakura dan menculik Illya, dengan harapan bahawa gadis berambut putih itu dapat menjadi saluran untuk Holy Grail yang baru.

Setelah Shirō dan Kotomine menyelamatkan Illya, Dark Sakura membunuh pula True Assasin dan membuang dirinya daripada ulat-ulat Zōken. Dia berhadapan dengan Rin di dalam sebuah kamar Greater Holy Grail di bawa Gunung Enzō, kuasanya adalah setaraf dengan Pedang Permata Zelretch. Dengan meninggalkan bayang-bayangan Sakura tidak berkesan, Rin telah mendekati Sakura, namun gagal menewaskannya disebabkan kasih sayangnya terhadap adiknya. Rin memluk Sakura meskipun setelah Sakura menikamnya dalam keadaan panik. Menyedari cinta kakaknya itu, Sakura mulai menentang sifat jahatnya sekali lagi sehinggalah Shirō berjaya mengeluarkan Angra Mainyu daripada jiwanya menggunakan Rule Breaker. Shirō kemudiannya telah cuba untuk menyurih pedang Excalibur, namun di dalam Penghujung Sebenar, Illya telah mengganggu proses ini, sekaligus menutup pintunya, dan melakukan Heaven's Feel ke atas diri Shirō untuk membiarkannya hodup (dalam Penghujung Biasa, Shirō berjaya menyurih Excalibur dan menghancurkan Holy Grail, tetapi dia kehilangan nyawanya. Sakura, yang enggan menerima kematian Shirō, telah meneruskan kehidupannya di Kediaman Emiya, selama-lamanya menunggu kehadiran Shirō).

Setelah sifat jahat dalam siri Sakura dihancurkan, tubuhnya mengekalkan jumlah Mana yang banyak. Sakura akhirnya tinggal bersama-sama Rider, di mana kewujudan Servant itu adalah bergantung kepada sumber Mana Sakura yang tinggi.

Dalam Fate/hollow ataraxia, Sakura tinggal dengan aman di Bandar Fuyuki, yang ditinggalkan Rin kepada jagaan Sakura setelah dia meninggalkan bandar mereka untuk menuntut di Persatuan Ahli Sihir, dan Rider menyatakan bahawa Sakura adalah kapten yang popular dalam kelab memanah sekolah mereka. Bahagian jahat Sakura masih wujud, namun digunakan sebagai babak lucu sahaja. Dalam Eclipse, iaitu episod bonus dalam Ataraxia, Rider dan Sakura bekerjasama dalam menggoda Shirō lalu melakukan persetubuhan bertiga-tiga. Sebenarnya, ini merupakan tindakan yang dilakukan Rider sendiri demi memaksa Shirō bertindak lebih agresif terhadap Sakura. Namun, Shirō menyedari disebalik motifnya bahawa Rider menaruh perasaan kepadanya. Kemunculan Sakura dalam episod ini adalah sekadar sihir yang dimanipulasikan oleh Rider sahaja, mewakili niat sebenar Rider dalam tindakannya.